分集 共13集
《机巧魔神》第 2 季 分集剧情共 13 集
第1集：消灭的世界与记忆的残骸2009年10月1日
因智春的误会再次引起大骚动的科学部，被罚打扫泳池。但在追赶突然出现的可疑考拉时，智春他们踏入了复杂交错的地下隧道。
第2集：被恶魔吞噬的副葬处女2009年10月8日
哀音消灭以来，想救操绪的念头一直在智春脑中挥之不去。决心去见一切开端的直贵的智春，找冬琉帮忙调查直贵的所在地……
第3集：自由且不自由的选择题2009年10月15日
暑假在海边 pension 开始打工的智春他们。副葬处女=贝利亚尔·多尔的秘密藏在心中、没精神的智春一旁，樋口策划撮合智春和奏，提议试胆大会。
展开其余 10 集剧情
第4集：唤作牺牲的代价2009年10月22日
智春在暮海崎的地下遗迹被GD的恭武袭击，无法召唤黑铁的情况下阿尼亚被带走。之后，在加贺篝他们那里恢复意识的智春，知道了库鲁斯蒂娜和琴里协助加贺篝的理由等。
第5集：爱与魔力间的痛苦关联2009年10月29日
因体育祭准备而热闹的洛芦和高中。因樋口的计谋，智春和奏组成两人三脚组合，但不知为何训练开始就接连发生麻烦。绑脚的丝带沾上凝固剂，两人分不开了。
第6集：献给你的真相2009年11月5日
失踪的直贵突然来电话说“现在马上从那里逃”，紧接着智春他们被戴着奇怪假面的神秘骑士袭击。朱浬和奏拼命反击也徒劳，智春他们被逼入绝境。
第7集：毁灭的时刻 消失的黑暗2009年11月12日
被直贵告知冲击性事实，被指示老实潜伏的科学部一行。但阿尼亚被假面袭击者夺走，连依靠的冬琉也被袭击，被要求用人质交换智春。
第8集：失去回忆的未来2009年11月19日
因与成为魔神相克者=阿斯拉克莱因的塔贵也的战斗，智春他们3人本应连同黑铁一起被拖入时空的黑暗中。但智春一个人醒来时，是在与原来世界相似却微妙不同的世界。
第9集：相邻的死与和平2009年11月26日
在秋希的安排下与奏再会，并与比智春他们早5年被吹飞的阿尼亚合流的智春，暂且为了确认第一巡的洛高而登校。但与朋友们度过热闹时光中，智春想起了第二巡的惨剧。
第10集：留下的生命，消散的生命2009年12月3日
世界的非在化和走失使魔的出现，是由重力炉实验失败引起的。在世界灭亡 trigger 的研究所与操绪再会的智春，下降到直贵管理黑铁的次元潜行室。
第11集：对你的思念将破坏世界2009年12月10日
回到第二巡的世界、成为魔神相克者=阿斯拉克莱因的智春，但要阻止塔贵也明显战力不足。即使如此仍准备对决的智春，被玲士郎和瑶命令成为第三学生会会长。
第12集：过去和因果与别离的绝望2009年12月17日
同时召唤4体机巧魔神的塔贵也，通过让魔力暴走成功打开了重力门，第二巡的世界也开始急剧非在化。此时，变成空壳的朱浬开始讲述真相。
第13集：选择的齿轮2009年12月24日
为了阻止试图牺牲所有世界来夺回秋希的塔贵也，智春他们发起挑战。但即使拥有强化的“黑铁·改”和使魔佩尔塞福涅的力量，也被操纵4体机巧魔神的塔贵也压倒。