分集 共23集
《海军罪案调查处》第 2 季 分集剧情共 23 集
第1集：遥控罪行2004年9月28日
海军的沃特森上校走进办公室的时候，电脑里出来一个奇怪的声音，告诉他他的妻女已经被绑架，必须从战略资金里挪两百万才能救他们，他受摄像头监视不能自由移动，于是将这些偷偷写在纸上让秘书告知NCIS。 盖布斯假扮军官去送资料将监视镜头安好，托尼则假扮送餐人员送去监听耳机。凯特和麦基潜进沃特森上校的家里，没有发现强行进入的痕迹。这对母女很有可能是被骗走的，于是盖布斯授意沃特森上校让绑匪先放他的女儿。小女儿桑蒂是个盲人，可是有超乎寻常的听力，她听出了绑架地点，但是绑匪显然不是主谋……
第2集：贤妻俱乐部2004年10月5日
施工队挖出了一个隐藏的地窖，里面有一具死去的干尸，身上穿着新娘的服饰……这名女尸是一名海军中尉，经过验尸发现已经死亡两年。屋里的摆设和书籍都是五十年代的风格，Gibbs率领手下调查发现，很有可能是个迷恋五十年代完美妻子的变态杀手。
第3集：神秘失踪2004年10月12日
一架超级眼镜蛇直升机停在名叫烟角的小村庄的神秘麦田圈上，同时失踪了两个海军陆战队员。当地村民都声称看到了极光，是飞碟来访，但Gibbs坚信根本不是什么超自然力量所为。McGee在树林中发现一间被烧毁的小屋，里面有一具被烧焦的人类尸体，经过检测证实是一名失踪人员。
展开其余 20 集剧情
第4集：历史重演2004年10月19日
两名士兵在路边发现一具穿着上尉军服的女尸，等到Gibbs一行到达现场，已经有人先行动过尸体。动过尸体的是一名海军女少尉，她和McGee是旧识。Ducky在检查尸体的时候发现了一个三叉戟的烙印，勾起了他的回忆，那是十年前一名一直无法确认身份的女尸，她的身上也烙印着三叉戟。
第5集：万骨冢2004年10月26日
有个被捆绑的人醒过来发现自己被丢在了海军陆战队的演习场，尽管他拼命奔跑，还是被演习的炮弹炸死了。 吉布斯他们来到现场，发现一个很无能的探员正在乱动现场，并且已经把案件初步定为非法闯入的意外伤害。吉布斯不理睬的他的结论，重新调查后发现，这里不止一具尸体…… FBI的弗内尔突然来访，原来炸死的那个人是FBI的卧底，他生前正在跟踪一名黑社会头目吉米，显然是有叛徒出卖了他。在调查中，弗内尔也遭到陷害入狱，他被带走之前请求吉布斯一定要找出叛徒……
第6集：退役风波2004年11月16日
退役海军军官麦奇在超市购物时遭到炸弹袭击，幸免遇难。 麦奇在阿富汗战争中曾经误炸平民，吉布斯怀疑这是一起伊斯兰极端组织的报复行为。FBI再次插手，吉布斯暂时接受保护受害人全家的任务。在行动过程中，吉布斯找出了嫌疑人，但是FBI隐瞒消息并且干预吉布斯审问犯人，而且置担任保镖东尼和凯特的性命于不顾。第二次爆炸又发生了，吉布斯利用FBI的把柄威胁了他们，双方达成交易，罪犯顺利收押。他们在开往总部的路上接到艾碧的电话，第二次爆炸用的炸药很业余，凶手还有第二个……
第7集：英雄梦魇2004年11月23日
一位老人找到NCIS总部，声称自己杀了人，吉布斯让他过安检的时候发现他是二战的荣誉勋章获得者，是硫磺岛战役的幸存者。 老人最近失去了相伴的老伴，由于悲痛很多记忆消失了，他不记得细节，但是坚持自己在二战时杀了自己最好的朋友。吉布斯检查了证物，没有结论，申请了开棺验尸，那具尸体失去了双腿，头上有一个被击打的凹槽，和证物点45手枪的枪柄吻合，似乎证据确凿了，海军部决定羁押老人，但是吉布斯找了一个当年同在硫磺岛的日本老人，他要尝试重新唤起老人的回忆……
第8集：燃烧疑云2004年11月30日
因心脏病住在海军医院的多南司令官突然在病床上自行爆炸了，似乎没有多余的线索能证明是他杀。司令官的主治医生詹尼斯马上就要退役了，这是她的最后一个心脏病人。吉布斯让麦基检查了医院的录影，在多年死亡时间里出现了一名海军少尉，吉布斯带着凯特围捕少尉，却发现此名少尉正在尝试自杀，凯特意外击毙了他。他的教练是他生前最后一个谈话者，他证明少尉在那段所谓的杀人时间一直和他在一起，少尉是无辜的，凯特陷入了自责。 艾碧模拟了引爆过程，证实是输氧管爆炸。爆炸之前詹尼斯医生照顾过他，可是怎么点火仍旧是个谜团……
第9集：色魔入侵2004年12月7日
在海军驻地，有人闯进罗温斯太太的家企图强奸，罗温斯开枪击中了他。吉布斯来到现场，发现没有强行进入的痕迹，罗温斯太太声称从来没有见过被她击中的人。Tony和kate来到医院给强奸犯拍照，强奸犯突然苏醒，说自己是被邀请去罗温斯家的，他们在一个色情网站相识而相恋。
第10集：卧底行动2004年12月14日
东尼到监狱做卧底，在和海军重犯怀特一起押送的过程中，他们制造了一起逃脱事故。 因为怀特至今没有招供他在伊拉克偷运的古董的下落。怀特生性多疑，他制造了一次车祸，让东尼和总部失去了联系，聪明的东尼到处留下暗号…… 副国务卿一直在打电话询问，不胜其烦的麦基在吉布斯的授意下终于让对方闭了嘴。凯特得到了新的线索，原来怀特不仅仅是盗窃犯，手上还有三条人命，并且杀人手段及其残忍，众人为东尼深深担忧。 循着东尼留下的记号，凯特他们追踪到了东尼的车，但是车里的东尼已经向怀特表明了身份，不动声色的怀特偷偷取出了刀……
第11集：真相大白2005年1月11日
失踪了两年的海军上尉布莱恩的尸骨意外被发现，他和自己的车一起沉在黑湖里。在此之前他的家人悬赏100万寻找他。在尸检过程中发现了子弹，布莱恩的弟弟汤姆成了最大的嫌疑人。发现尸体的是着名私家侦探库伯，他不厌其烦的找到吉布斯，展示自己的证据，希望吉布斯可以结案。
第12集：诈死2005年1月18日
销售公司的销售员正在向海军下士兰波特推销服务，却意外发现对面传来异常的声音。吉布斯来到现场，屋里到处是打斗的痕迹，兰波特下士不知所踪，现场迹象似乎是被谋杀。
第13集：人肉拼图2005年2月8日
Ducky收到的人肉碎块终于拼成了三具尸体，他们的身份很快确认，是当年Ducky作证的一起强奸杀人案的检察官，法官，陪审团主席，凶手是一名想成为验尸官的医学院学生文森▪汉兰。吉布斯和凯特来到汉兰家，被告汉兰已经在一年前的车祸中死亡。
第14集：目击证人2005年2月15日
一个女孩报案说住在她楼对面的海军被人勒死了，可是警察却在现场找不到任何痕迹，吉布斯让麦基去现场看看有没有调查的价值。托尼和凯特在模拟现场时发现了可疑的人类尿液，经过仔细搜查，找到了很多藏匿的现金。
第15集：捕捉入镜2005年2月22日
在雪兰多国家公园，一名叫摩尔的海军中士从山崖坠下身亡，身上有被狼咬过的痕迹。目击证人只有摩尔的妻子和最好的朋友，他们告诉吉布斯摩尔在失踪之前和公园里的流浪汉有过冲突。艾比在死者头上找到了棒球棍的特制木料，摩尔是被谋杀的。
第16集：绚烂人生2005年3月1日
海军中尉阿曼达被人杀死，奇怪的是嫌疑犯竟然没有逃走，而且满手鲜血的来开门……嫌疑犯坚决声称自己是无辜的，认为死者并不是和自己一夜情的那个女孩，那个女孩是在酒吧跳艳舞的舞女。艾比也证实虽然嫌疑犯满手都是血，可是凶器上却没有指纹。
第17集：巴拉圭眼珠奇案2005年3月22日
有人把一对人类眼球寄到了海军中士本杰明家里，但是本杰明不承认自己和这些有关。东尼和凯特负责在他门外监视，本杰明在家里自杀了。本杰明自杀前曾给自己的老师普塞尔打过电话，他是海军退役上校，也是海军学员秘密行动的讲师，同时还是在巴拉圭活动的双重间谍。眼球的主人被确认是一个17岁的女孩，她还有一个身份是普塞尔的妻子。
第18集：比基尼凶杀案2005年3月29日
在弗吉尼亚海滩，一场泳装秀正在进行，三号选手突然失踪，她的尸体被一位老太太在厕所发现。死者是海军中士蒂弗尼乔丹，死前打给一个叫莉莎的瑜加教练打过电话，但是莉莎坚称蒂弗尼只是自己的一个学生。有一个已经出狱的男人给蒂弗尼写过很多信，可是此人却有完美的不在场证明。
第19集：峰回路转2005年4月12日
住在精神病院的海军中尉洁西卡总是被夜晚魔鬼一样的声音威胁，吉布斯带着众人前去调查，没有发现任何异样，杰西卡的主治医生维特上校坚持只是精神问题。 洁西卡得病之前在海军得秘密机构工作，吉布斯怀疑有内情，再次来到精神病院，一名叫凯瑟琳的病人主动介绍了情况。洁西卡的上司韦德上校被控在政府交易中收取回扣，却从来没有找到证据，吉布斯找到他，他却坚持自己是清白的，和洁西卡也是父女一样的关系。 洁西卡说有东西在她房间，等到吉布斯赶到的时候洁西卡已经在病房上吊自杀了，但是艾碧发现这是布局精巧的谋杀……
第20集：校园杀机2005年4月26日
一天深夜，海军学员们正在举行兄弟会测试，一名学院偶然发现了一具脖子被折断的尸体。 死者是海军学院的特纳，他的死亡方式显示是海军陆战队的手法，他的队友布雷克成了最大的嫌疑犯，因为他同时失踪了。艾碧的电脑被骇客侵入了，麦基循着信号追踪，竟然找到了布雷克的尸体，死亡方式和特纳一样。电脑骇客被抓，他告诉吉布斯他们两个有一个共同的女友艾希莉，很有可能是争风吃醋致死。可是艾希莉告诉他们，两个人在几天前在帮她躲避教官黎卡的骚扰……
第21集：遗骨谜团2005年5月3日
海军陆战队士兵托布斯为了救战友死在了伊拉克战场，他的朋友艾米帮忙整理他的储物仓时，却在储物仓里发现了尸体，经过监测，是他青梅竹马的朋友诺拉，在两年前失踪。 海军调查委员会命令吉布斯查出真相，如果属实，会撤销托布斯的荣誉奖章。当地警长和诺拉的父母都认为是托布斯杀了诺拉，因为在诺拉失踪之后托布斯突然参军去了，而且尸体又在他租的储物仓发现，但是吉布斯并不盲从。 凯特和吉布斯去询问了艾米，艾米的回答没什么价值，之后竟然割腕自杀了，案情越来越扑朔迷离，这个时候，一段模糊的车库录影带来了希望……
第22集：唇印杀机2005年5月10日
NCIS总部收到一封印著唇印的信，东尼抢著打开了，里面跑出了白色的粉末，他们迅速被隔离，东尼因吸入粉末成了受害者和患了感冒而免疫系统变弱的凯特一起进入隔离病房。 粉末被证实是鼠疫病毒，艾碧和马拉德读了那封信，里面要求NCIS公开几年前的一个案件，是一起海军强奸案，罪犯至今逍遥法外。强奸案的受害者是一名叫萨莎的女孩，她的母亲汉娜是生化研究机构的执行总裁。吉布斯逮捕了汉娜，汉娜说自己只是想要公道。 只有东尼被感染了，病菌被证实是不能复制的，但是只有百分之十五的生存率。萨莎终於坦白当年的强奸案自己说谎了，可怜的东尼只能靠自己的运气了……
第23集：血色黄昏2005年5月24日
两名海军飞行员在度假途中被杀，其中一个被剁去了双手，吉布斯他们去调查，又险些被汽车底盘藏著的炸弹炸死，很显然他们被算计了。 追查工作进行的很艰难，炸药的成分，匿名的911电话，都是没法追查的，只能是职业特工所谓，正在此时FBI到访，原来阿里秘密回国了，他已经脱离的FBI的掌控，他这次回来的目标是杀死吉布斯！凯特被临时任命保护吉布斯。一架小型的可以装载炸弹的遥控飞行器被盗，现在知道为什么飞行员会失去双手了，因为中心的门是靠掌纹开启的。此时海军的大型舰艇就要靠岸了，很容易猜到恐怖分子要干什么，阿里早已不是什么双面间谍，现在他是彻头彻尾的恐怖分子！船就要靠岸了，飞弹已经飞出，吉布斯他们只能尽量阻止悲剧发生……