分集 共24集
《海军罪案调查处》第 3 季 分集剧情共 24 集
第1集：追杀阿里（上）2005年9月20日
恐怖袭击后，NCIS团队震惊不已，每个人都在用自己的方式努力应对凯特的突然离世。现在他们的任务是收集所有关于阿里的信息，在他造成更多破坏之前阻止他。
第2集：追杀阿里（下）2005年9月27日
吉布斯仍在为凯特的死感到痛苦，当阿里绑架了达基并决定戏弄他时，吉布斯更加受伤。吉布斯派托尼跟踪扎iva，在珍妮和吉布斯差点被枪打死之后，他更加决心要彻底解决阿里，而扎iva与阿里之间奇怪的联系正是他需要的帮助。
第3集：心理游戏2005年10月4日
吉布斯奉命与一名即将被处决的罪犯交谈，以获取他藏匿受害者地点的信息，但当计划失败时，团队必须用自己的方式破案。
展开其余 21 集剧情
第4集：白银战争2005年10月11日
当在内战时期的墓穴中发现一名男子的尸体时，团队发现受害者是一名中士，他被活埋了。在调查过程中，艾比追踪到了受害者的最后一通电话。
第5集：偷天换日2005年10月18日
当一名军官在高速公路上被枪杀时，NCIS团队接手调查。第一条线索是受害者过着双重生活，这让他们找到了一个可能的破案方向，但当发现受害者的遗言时，情况发生了逆转，这引导他们找到了完全不同的线索。
第6集：偷窥者之网2005年10月25日
NCIS团队接手了一个奇怪的案件——一名海军陆战队员的妻子在网上被直播谋杀。调查显示，两名家庭主妇经营着一个色情直播网站，现在她们都失踪了。在寻找她们的同时，团队将尝试追踪网站管理员并侦破这起谋杀案。
第7集：荣誉守则2005年11月1日
当一名六岁男孩告诉NCIS团队他的父亲被绑架时，团队发现失踪的父亲实际上是一名中校，正在参与一个名为"荣誉"的秘密项目，而且他是唯一知道打开该项目密码的人。
第8集：卧底行动2005年11月8日
当两名雇佣杀手的尸体被送到NCIS团队时，扎iva和托尼伪装成受害者的身份进行卧底，以寻找雇佣他们的人。
第9集：栽赃陷害2005年11月22日
NCIS团队调查一起看似简单的案件，却发现这是一个精心设计的圈套，目的是陷害团队中的一名成员。
第10集：菜鸟2005年11月29日
菜鸟特工面临严峻考验，在一次任务中必须独当一面，证明自己能够胜任NCIS的工作。
第11集：模特行为2005年12月13日
当一名年轻模特被发现死亡时，NCIS团队展开调查，发现她的死与时尚圈的黑暗秘密有关。
第12集：困兽之斗2006年1月10日
团队成员被困在一个封闭空间里，必须在时间耗尽之前解开谜题，否则就会有生命危险。
第13集：欺骗2006年1月17日
当一名负责核电站燃料棒运输的中校失踪时，NCIS团队被叫来。团队必须及时破案，在绑架者发现燃料棒的秘密位置或伤害中校之前。
第14集：鹣鲽情深2006年1月24日
NCIS小组在调查两个海军妻子的被杀案，他们必须在凶手攻击下一个目标（另一个海军妻子）前将他捉拿归案。
第15集：断头奇案2006年2月7日
在调查一间非法改装车辆的店时，NCIS在其中一辆卡上意外发现了几个藏匿起来的海军头颅。在找潜在嫌疑犯的同时，小组必须找到身体的其余部分来找到真凶。
第16集：惊爆疑云2006年2月28日
一名海军死于交通意外。救护车运送他残骸的途中爆炸了。NCIS奉命去调查事情的真相。调查过程引出了意外的发现—救护车里残骸的DNA和那名海军并不吻合；而且救护车是被预先设定好的炸弹引爆的；遇害海军的家庭隐瞒著一个重大的秘密。
第17集：熊出没2006年3月7日
一群少年在国家森林公园里发现了一块海军的身份识别牌，NCIS奉命调查。在搜索该海军的营地期间，小组发现还有另外一个人和他在一起，而且很可能是女性。这个调查牵扯出更大的发现—在这个森林公园里可能存在一个专向女人下毒手的连环杀手。
第18集：人肉炸弹2006年3月14日
一个中学生走进Quantico基地的高校，他身上绑了炸弹，并挟持了人质，声称要发动自杀式袭击。Gibbs孤身一人进入教室、企图化解危机，结果发现校园外有其他人在控制著这个学生。教室外，Tony接管一切，担起领导小组的重任。
第19集：冰封情仇2006年4月4日
几个孩子在冰湖上溜冰时，被一个失踪海军的尸体绊倒了。Gibbs和小组接报到场。在冰湖上搜索更多线索时，他们发现了另外三个被枪杀的尸体。对尸体进行解剖时，Ducky和Gibbs发现这三个额外的受害者有黑帮纹身。得到这个重要资讯后，小组开始调查该海军和一个死去的帮派人员间的联系。
第20集：鞭长莫及2006年4月18日
一名五角大楼的解码专家的尸体被发现。NCIS小组必须查出她是否内奸、是否自杀。随著调查的开展，他们发现她死的时候并不是孤身一人的，是被谋杀的。因此他们必须找出那个内奸、那个杀害这个解码专家的人。
第21集：危险的爱2006年4月25日
在和其他成员一起调查一件很普通的案子时，Abby几乎被案子里的一个证物杀死。事后证实这场谋杀是有预谋的，有人想置Abby于死地。小组成员对过去与Abby闹得不愉快的人展开调查，必须在Abby受到伤害前找到幕后黑手
第22集：处长危机2006年5月2日
一个被监管的嫌疑犯突然死亡，ZIVA在事发前对他的态度令自己陷入了困境，整个小组尽力保护她。疑犯的哥哥并不知道弟弟已经死亡，绑架了Jenny，要求释放他弟弟来交换Jenny，令事态变得更严重。
第23集：记忆裂痕(上)2006年5月9日
Gibbs接到任务调查一艘船，船只突然爆炸，Gibbs被炸成重伤。送往医院后，Gibbs陷入昏迷，过去的种种痛苦记忆不断在脑海中重现。小组的其他成员不得不放下对Gibbs的担心，继续著手调查这个案件。Tony代替Gibbs接管大局，弄出了不少麻烦。
第24集：记忆裂痕(下)2006年5月16日
Gibbs尚未从爆炸的受伤中复原过来。小组成员不得不在没有Gibbs的情况下独自解决恐怖组织的案子。当Gibbs的良师益友、旧日的上司来访时，看到Gibbs的记忆只停留在妻女丧失之后的那段日子。小组在调查中发现Gibbs是唯一一个目睹过恐怖分子袭击计划的人，他的帮助尤其重要。Gibbs必须在恐怖分子发动袭击前恢复记忆 。