星际之门：亚特兰蒂斯 第 3 季
2006-07-13 首播 · 共20集
小队面临与新旧敌人的冲突升级，包括“幽灵”和一个致命的新派系。一项可能改变游戏规则的技术被发现，引发了新的伦理困境，同时团队内部的关系也在日益增长的压力下经受着考验。
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《星际之门：亚特兰蒂斯》第 3 季 分集剧情共 20 集
第1集：无人地带2006年7月13日
迈克尔率领的幽灵突然倒戈，麦凯和罗农被俘，两艘幽灵母舰正朝地球驶去。韦尔下令达达尼尔号和俄里翁号出击拦截。谢泼德驾驶战机附着在一艘母舰上伺机行动。麦凯和罗农从茧中逃脱。迈克尔因遭女王轻视而心生不满，主动联系谢泼德寻求报复。谢泼德趁机策反迈克尔，小队在叛变幽灵的协助下向母舰释放了逆转录病毒。
第2集：孽种2006年7月20日
逆转录病毒成功将整艘母舰的幽灵转化为人类。小队将俘虏带回亚特兰蒂斯囚禁在静滞舱中。国际监督委员会派伍尔西前来审查韦尔的领导能力。如何处理这些已变成人类的幽灵——尤其是曾多次协助小队的迈克尔——成了一个棘手难题。与此同时，部分转化后的幽灵开始逐渐恢复记忆。
第3集：无法抗拒2006年7月27日
小队外出寻找适合搭建跨星系星门桥的星门时，发现了一个村庄。村里所有人都疯狂崇拜一个名叫卢修斯·拉文的男人。此人声称拥有各种灵药，贝克特医生将他带回亚特兰蒂斯后，全城上下都被他的魅力所倾倒——唯有谢泼德保持清醒。麦凯和谢泼德很快发现，卢修斯身上藏着一个不可告人的秘密。
展开其余 17 集剧情
第4集：萨特达2006年8月3日
小队造访一颗星球时遭到伏击被俘。原来罗农当年被幽灵追杀时曾到过此地，给当地带来了灭顶之灾，首领的女儿也在那场灾难中丧生。村民们与幽灵达成协议——交出罗农即可免除未来的收割。罗农被再次植入幽灵追踪器，扔回了早已荒废的母星萨特达。队员们随即前往萨特达营救同伴。
第5集：子嗣2006年8月10日
小队收到一颗星球的信号回应，对方自称是古人。他们发现了一座比亚特兰蒂斯更加宏伟的城市，居住着数百万居民。领袖奥伯罗斯声称他们是早年间因分歧离开亚特兰蒂斯后重建家园的古人后裔。麦凯震惊地发现他们拥有近乎无限的零能模块。然而小队很快意识到，一切都并非表面看起来那样——这些人并非血肉之躯，而是机械生命——复制者。
第6集：现实世界2006年8月17日
韦尔博士在华盛顿特区外的一家精神病院醒来。医生告诉她，过去两年在亚特兰蒂斯的经历全是她因车祸创伤而产生的妄想。她被告知星际之门计划根本不存在，亚特兰蒂斯也从未有过。就连奥尼尔将军也表示对此一无所知。深夜中她看到可怕的黑影似乎在试图与她沟通。韦尔坚信自己在亚特兰蒂斯的经历才是真实的，而眼前的“现实”才是虚假的。
第7集：共同立场2006年8月24日
小队收到基尼盟友发来的信号前往一颗星球，却遭到科利亚的伏击。谢泼德被俘，科利亚要求用拉顿·拉迪姆来交换。韦尔断然拒绝后，科利亚让一只幽灵吸食谢泼德的生命能量，并将酷刑过程实时播放给亚特兰蒂斯。谢泼德与隔壁牢房的幽灵囚徒建立了奇特的同盟关系，两人联手越狱。幽灵还向他展示了一项亚特兰蒂斯从未知晓的能力。
第8集：麦凯与米勒夫人2006年9月7日
麦凯被召回地球，说服多年未见的妹妹珍妮·米勒协助空军完成一项重要的数学证明。珍妮起初拒绝签署保密协议。麦凯不得不向她透露星际之门计划的存在。兄妹二人随后前往亚特兰蒂斯进行实验。实验试图通过连接平行宇宙获取无限能源，却出了岔子——来自平行宇宙的另一个麦凯突然出现。这个“另一个麦凯”性格与众人熟知的那位截然不同——风趣随和，而非紧张急躁。
第9集：幻影2006年9月14日
伦纳德少校带领的小队逾期未归且无线电失联。谢泼德率队前往搜寻，却发现三名队员已死，证据表明伦纳德少校亲手杀死了自己的部下。小队遭到攻击后开始产生幻觉——谢泼德看到了阿富汗战场，罗农看到了幽灵，他们实际上在互相射击。这一切的源头是一个实验性幽灵脉冲发生器。麦凯无法关闭装置，最终只能靠蒂拉来化解危机。
第10集：回归（上）2006年9月21日
跨星系星门桥首次测试成功。然而麦凯在测试中发现一艘古人战舰正在接近光速飞行。达达尼尔号施以援手，战舰上沉睡了数千年的近百名古人获救。回到亚特兰蒂斯后，古人向小队表达了感谢——随即要求地球人立即撤离这座城市。与此同时，复制者也盯上了亚特兰蒂斯。
第11集：回归（下）2006年11月19日
复制者攻占了亚特兰蒂斯，击败了刚刚接管城市的古人。奥尼尔将军和伍尔西因留下与古人谈判而困在城中一处隐蔽角落。奥尼尔此前曾下达命令——一旦亚特兰蒂斯落入敌手，立即用核弹将其摧毁。谢泼德、韦尔、麦凯和贝克特召集蒂拉和罗农，策划秘密潜入城市营救同伴。麦凯必须在复制者重新编程自身使武器失效之前找到消灭它们的方法。
第12集：回响2006年11月26日
蒂拉在亚特兰蒂斯的走廊里看到了古人的幻影。起初只有她能看见，随后其他队员也陆续出现了各自的幻觉。麦凯在城外发现了一年前救过他的那头鲸鱼——但这次它不是独自前来，数十头同类正一同朝亚特兰蒂斯游来。
第13集：不负责任2006年12月3日
小队听说有一位伟大的战士曾击败过基尼人和幽灵，决定前去寻找这位潜在的强大盟友。到了才发现，所谓的“伟大战士”竟然又是卢修斯。队员们以为他又在耍老把戏。经过检测，他身上并没有那种令人着迷的药物——他只是把队员们的战斗故事拿来当作自己的吹嘘资本。
第14集：麦凯之道2006年12月10日
为了节约能源，麦凯关闭了古人激活后留下的非必要系统。他不慎被一台神秘装置发出的能量束击中。贝克特医生检查后确认他并无大碍。然而不久后麦凯开始展现出超常能力——感官极度敏锐、具备意念移物能力。
第15集：游戏2006年12月17日
洛恩少校发现一颗星球，轨道上运行着数十颗卫星。星球上的文明尚处于文艺复兴时期。更奇怪的是，他看见了一面印有麦凯肖像的旗帜。向谢泼德和麦凯报告后，小队意识到几年前在亚特兰蒂斯发现的一款游戏，其意义远比他们以为的要深远得多。
第16集：方舟2007年1月7日
麦凯调查一个位于中空小行星内部的空间站时，不慎唤醒了一名处于静滞状态的科学家。科学家亨里克解释说，这个基地是他们种族为躲避幽灵世代收割而做的最后努力。他们改造了幽灵的静滞技术，建造了一个可容纳大量人口沉睡数千年的舱室，希望幽灵发现星球空无一人后会以为他们已经消失了。
第17集：星期天2007年1月11日
全城被要求休假一天，队员们各自放松。毫无预兆地，一场神秘爆炸撕裂了城市，多人死伤。麦凯和贝克特赶到现场时发现蒂拉被弹片击中重伤。现场找不到任何爆炸残留物，唯一的线索是目击者称一名科学家突然“爆炸”了。
第18集：潜渊2007年1月14日
小队潜入深海，搜索古人遗留的一处移动地热钻探平台。古人曾希望利用这颗星球地表之下的能源获取近乎无限的能量。队员们找到了钻井平台并小心翼翼地展开探索。
第19集：复仇2007年1月28日
协助塔拉尼斯居民迁移后，小队发现已经很久没有收到这个村庄的消息。韦尔派谢泼德带队前往调查。表面上看塔拉尼斯人似乎只是遗弃了村庄。但麦凯探测到旧村庄地下工业设施的深处有生命信号。
第20集：第一击2007年2月4日
阿波罗号抵达亚特兰蒂斯，带来情报称复制者正在组建一支庞大的舰队准备直接攻击地球。埃利斯上校在亚特兰蒂斯小队的协助下发动先发制人的精确打击，用核弹摧毁了整个舰队。危机似乎已经解除。然而一颗装载着星际之门的人造卫星悄然进入亚特兰蒂斯上空的同步轨道。